蛋白质的模体相当于超二级结构（super-secondary structure），介于蛋白质二级结构和三级结构之间，由相邻的二级结构单元彼此相互作用，组合在一起，排列成规则的、在空间结构上能够辨认的二级结构组合体，并充当三级结构的构件。如果一种结构模体对应于一种特定的生物功能，这种结构模体可称为功能模体（functional motif）。
例如，EF手相是一种典型的功能模体。它是由E螺旋、F螺旋和螺旋之间的一个环组成，已被发现存在于多种与Ca2+结合的Ca2+传感器蛋白上，Ca2+在环上与蛋白质结合。
